Le site de production de Fegersheim, en Alsace est le plus important site de production industrielle du groupe dans le monde. Construit en 1967, il a diversifié et recentré ses activités de manière à être en phase avec la stratégie générale de Lilly. La fabrication a démarré en 1968 avec des capsules de gélatine dures, vendues à d'autres laboratoires. Les premières productions pharmaceutiques datent pour leur part de 1970. Ont suivi la production phytosanitaire, cosmétique, de santé animale et d'enzymes. Un recentrage, amorcé au début des années 1990, a fait de l'usine un centre de compétences dans la production de médicaments injectables, autrement dit stériles.
Ces différentes activités ont été menées grâce à des investissements majeurs et continus. Ainsi, en 1996, Lilly à Fegersheim a mis en service un bâtiment uniquement dédié à la production d'insuline, utilisant des technologies de pointe comme la production sous isolateur.
Lilly a investi plus de 380 millions d'euros à Fegersheim entre 1992 et 2002 et 280 millions sont consacrés au développement du site entre 2003 et 2009. Les investissements les plus récents ont permis la construction d'un bâtiment logistique entièrement automatisé et d'un bâtiment de services aux employés. Les projets programmés pour les quatre années à venir permettront d'amorcer l'extension du bâtiment logistique récemment mis en service ainsi que la refonte complète de l'un des bâtiments de productions.
